Fue fundado el 3 de abril de 1905 por un grupo de jóvenes de origen italiano formado por Esteban Baglietto, Alfredo Scarpatti, Santiago Sana y los hermanos Juan y Teodoro Farenga. La reunión se desarrolló en la Plaza Solís con el propósito de fundar un club para la práctica del fútbol.
El nombre surgió por el barrio donde habitaban estos muchachos, La Boca. Además se le agregó a continuación la palabra Juniors, de origen inglés, para darle un poco más prestigio debido a la ascendencia directa de este país europeo con el fútbol.
Durante los dos primero años de vida, el club adoptó diferentes colores en su camiseta. La primera fue de color celeste oscuro y luego pasó a otra que era color rosa aunque se utilizó en muy pocas oportunidades. Sin encontrar la definitiva, los fundadores de la institución le pidieron a una hermana de ellos que compre otras camisetas. La elegida fue una azul y blanca a rayas verticales finas. Pero se enteraron que había un club llamado Boedo que utilizaba la misma camiseta. Entonces las instituciones acordaron jugar un partido y el ganador se quedaba con los colores que había elegido. Pero Boca perdió ese encuentro y tuvo que ponerse a buscar otra camiseta que lo identificara.
Finalmente una de las personas que formaban parte del club se encontraba en el puente de La Boca y se inspiró en la bandera de un barco sueco, corría el año 1907, para la elección del color que perdura hasta estos días. La primera fue con fondo azul pero cruzaba una raya en diagonal amarilla. Poco tiempo después se definió la actual, fondo azul con una franja horizontal amarilla en el medio.
Con respecto al escudo, la institución tuvo en total 5 hasta el día de la fecha. El primero se instauró en 1922 y se utilizó hasta 1955. Su fondo era blanco con las iniciales del club (CABJ) en amarillo y azul y contenía una franja amarilla horizontal. En 1955, con motivo del 50° aniversario surgió el segundo, donde el fondo era azul con la franja amarilla horizontal y las iniciales color negro teniendo en sus costados una hebra de laureles. En los 60' se realiza la tercera modificación donde se le sacan los laureles que lo bordeaban, se los reemplaza por un contorno negro y salen las iniciales para agregarle el nombre completo, Boca Juniors. En 1970 se cambia nuevamente al modelo del 55' pero sin los laureles retornando las iniciales y agregándole en su interior 30 estrellas que representaban1 todos los títulos obtenidos hasta ese momento. En 1996 se modificó al que está actualmente en vigencia al cual se le sacó la franja amarilla y se le agregaron más estrellas que actualmente asciende a 42 contando los torneos obtenidos desde el de 1919.
Encontrar un terreno para la práctica del deporte no fue tarea fácil en un comienzo. El primero que se utilizó fue uno que se encontraba en la Dársena Sud pero en 1907, una vez afiliados a la Asociación de Fútbol, lo tuvieron que abandonar porque no cumplía con los requisitos que imponía dicha asociación. En 1908 consiguen construir tres canchas en la Isla Demnarchi pero esos terrenos los tuvieron que devolver en 1912. En 1914, los dirigentes decidieron hacerle caso a un socio y alquilar un terreno que se encontraba en Wilde pero la mala campaña del equipo en el campeonato de ese año y el siguiente sumado a la distancia que había con el barrio de La Boca, hicieron que buscara otro lugar.
En su afán de encontrar un lugar en la misma Boca, pudieron dar con uno que tenía un galpón que era utilizado por una fábrica de piedras artificiales. Fue el 25 de mayo de 1916 que pudieron inaugurar el nuevo estadio en ese lugar pero al poco tiempo el patrón de la fábrica protestó y se tuvieron que ir nuevamente. Pero llegó el año 1923 en donde se alquiló un terreno ubicado en Brandsen y Del Crucero y sería finalmente el lugar donde se construyó la BOMBONERA.
Levantando el estadio con tribunas de maderas, se inauguró el 6 de junio de 1924. Pero la construcción más importante comenzó en 1938 y finalizó en 1940. Fue el 25 de mayo de ese año el día de la inauguración pero el primer encuentro oficial se disputó el 2 de Junio, ante Newell´s Old Boys de Rosario, y ganó Boca por 2 a 0.
En 1949 se retomó la construcción, donde se hicieron las terceras bandejas, terminado estas obras en 1953, años en donde también se comenzó a utilizar la luz artificial. Recién en 1996 se realizó una nueva modificación al estadio. Se demolieron los antiguos palcos donde se construyeron unos nuevos además de agregar una pequeña tribuna. En 1986 el estadio recibió el nombre de Camilo Cichero, presidente que colocó la piedra fundamental para su construcción, pero en el 2002 se decidió cambiarlo por el de Alberto J. Armando, otro gran presidente en la historia del club.
En lo futbolístico, Boca es uno de los clubes que más títulos ha ganado en el país y, en esta última etapa, es uno de los que más ha triunfado a nivel mundial. En el amateurismo consiguió siete siendo ellos los de 1919, 1920, 1923, 1924, la Copa de Honor 1925, 1926 y 1930. Además se convirtió en el primer club en ganar un torneo profesional en Argentina, el de 1931. En el profesionalismo se consagró en 1934, 1935, 1940, 1943, 1944, 1954, 1962, 1964, 1965, Copa Argentina y Nacional 1969, Nacional 1970, Metropolitano y Nacional 1976, Metropolitano 1981, Apertura '92, Apertura '98, Clausura '99, Apertura 2000, Apertura 2003, Apertura 2005 y Clausura 2006. Vale aclarar que obtuvo el Clausura 91 pero no se contabiliza ya que el mismo clasificaba para jugar la final de la temporada que finalmente pierde con Newell´s Old Boys de Rosario.
En el ámbito internacional con 18 copas ganadas es uno de los más ganadores del Mundo: 6 Copas Libertadores (1977, 1978, 2000, 2001, 2003 y 2007), 3 Copas Intercontinental (1977, 2000 y 2003), 1 Supercopa (1989), 4 Recopa Sudamericana (1990, 2005, 2006 y 2008), 1 Copa Master (1992), 1 Copa de Oro Nicolás Leoz (1993) y 2 Copa Sudamericana (2004 y 2005).